Νοτιοδυτικά της Απολλωνίας βρίσκεται ο Αρχαιολογικός χώρος της Φυλακωπής, μιας αρχαίας πόλης που ιδρύθηκε περίπου το 2300 π.Χ. και άκμασε την εποχή του Χαλκού και στην οποία σήμερα ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει ερείπια από μέρη των μυκηναϊκών τειχών, οικίες και τάφους, παρά το γεγονός ότι ένα μέρος της βρίσκεται πια κάτω απ' τη θάλασσα.
Οι Παλαιοχριστιανικές Κατακόμβες κοντά στις περιοχές Κλήμα και Τρυπητή, είναι ένα ταφικό μνημείο του 1ου μ.Χ. αιώνα μοναδικό στον Ελλαδικό χώρο, καθώς πρόκειται για ένα σύμπλεγμα υπόγειων στοών μήκους περίπου 184 μέτρων, λαξευμένο μέσα στο ηφεστειογενές έδαφος της περιοχής, με περίπου 291 τάφους όπου υπολογίζεται ότι έχουν θαφτεί 8000 νεκροί.
Στην Πλάκα, το Αρχαιολογικό Μουσείο εκθέτει ευρήματα από τις ανασκαφές στο νησί, που περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων τα νεολιθικά αντικείμενα από οψιδιανό και τα ζωγραφισμένα μυκηναϊκά κεραμικά που βρέθηκαν στην Αρχαία Φυλακωπή, ωστόσο τα πιο σημαντικά του εκθέματα αποτελούν το γύψινο αντίγραφο της Αφροδίτης της Μήλου στην είσοδο του μουσείου και η Κυρά της Φυλακωπής, ένα αγαλματίδιο μιας κυκλαδικής θεότητας σε μινωικό ρυθμό. Εκτός απ' το Αρχαιολογικο, στην Πλάκα στεγάζεται και το Λαογραφικό και Ιστορικό Μουσείο, που στεγάζεται σε κτίριο του 19ου αιώνα και εκθέτει παλιές φωτογραφίες και βιβλία, δημιουργήματα λαϊκής τέχνης και ιστορικά έγγραφα.
\r
\rΣτην Πλάκα βρίσκεται και το Ενετικό Κάστρο, το οποίο χτίστηκε τον 13ο αιώνα πάνω στο λόφο προκειμένου να προστατευτούν οι κάτοικοι από τις επιδρομές των πειρατών. Στο χώρο γύρω από το Κάστρο βρίσκεται η λεγόμενη καστροπολιτεία αλλά και κάποιες εκκλησίες, ενώ από το λόφο του Κάστρου μπορείτε να θαυμάσετε από τα πιο όμορφα ηλιοβασιλέματα των Κυκλάδων.
Το Μουσείο Μεταλλευμάτων στον Αδάμαντα, που λειτουργεί απ' το 1998, παραθέτει την ιστορία της εκμεττάλλευσης του μοναδικού ορυκτού πλούτου της Μήλου κατά τη διάρκεια των αιώνων κατοίκησής της. Σε απόσταση περίπου 3 χλμ απ' τον Αδάμαντα, βρίσκεται η Ζεφυρία, παλαιότερα γνωστή και ως Χώρα, καθώς υπήρξε η μεσαιωνική πρωτεύουσα το νησιού. Μετά από σεισμούς που δημιούργησαν στο έδαφος ρωγμές απ' όπου έβγαιναν δηλητηριώδη αέρια, οι κάτοικοι υποχρεώθηκαν να μετοικήσουν το 1767 και το τέμπλο και οι εικόνες της παλιάς μητρόπολης της Παναγίας της Πορταΐτισσας, η οποία σώζεται ακόμα, έχουν μεταφερθεί στην Κοίμηση της Θεοτόκου και τον Άγιο Χαράλαμπο στον Αδάμαντα.
Κοντά στον οικισμό της Τρυπητής, θα συναντήσετε τις Κατακόμβες της Μήλου, το υπόγειο κοιμητήριο των πρώτων χριστιανικών αιώνων του νησιού, το οποίο είχε χρησιμοποιηθεί και ως λατρευτικός χώρος και είναι οι μοναδικές κατακόμβες που σώζονται μέχρι σήμερα σε όλη τη χώρα. Σε πολλές από τις παραλίες της Μήλου θα βρείτε επίσης και τις λεγόμενες Σπηλιές των Πειρατών, κυρίως στο Σαρακήνικο, το Κλέφτικο και τον Παπάφραγκα.